Insgesamt drei Nobelpreise wurden bisher an Wissenschaftler und Wissenschaftlerinnen aus der Helmholtz-Gemeinschaft verliehen. Der Nobelpreis für Medizin 2008 an Prof. Dr. Dr. Harald zur Hausen und der Nobelpreis für Physik 2007 an Prof. Dr. Peter Grünberg. Prof. Dr. Peter Lemke war einer der Hauptautoren des IPCC Berichts, der gemeinsam mit Albert A. Gore den Friedensnobelpreis 2007 erhielt.
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Der Wissenschaftspreis des Stifterverbandes - Erwin Schrödinger-Preis zeichnet herausragende wissenschaftliche oder technisch innovative Leistungen aus, die in Grenzgebieten zwischen verschiedenen Fächern der Medizin, Natur- und Ingenieurwissenschaften erzielt worden sind und an denen Vertreterinnen und Vertreter mindestens zweier Fachrichtungen mitgewirkt haben.  
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(Dieser Preis wurde zum 31.12.2008 ausgesetzt.)
Die Helmholtz-Gemeinschaft und die Humboldt-Stiftung verleihen gemeinsam jährlich bis zu 6 Forschungspreise an international anerkannte ausländische Wissenschaftlerinnen und Wissenschaftler und zeichnen damit ihre bisherige Leistung in der Forschung aus.
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