Für die Helmholtz-Gemeinschaft gibt es gute Gründe, den Namen von Hermann von Helmholtz zu tragen, einem der größten Naturwissenschaftler des 19. Jahrhunderts. Hermann von Helmholtz steht für die ganze Vielfalt der naturwissenschaftlichen Forschung und die Hinwendung zur technologischen Praxis. Er war einer der letzten wirklichen Universalgelehrten. Helmholtz vertrat eine Naturwissenschaft, die Brücken schlug zwischen Medizin, Physik und Chemie. Seine bahnbrechenden Forschungsarbeiten und Entwicklungen verknüpften Theorie, Experiment und praktische Anwendung. Helmholtz gründete die Physikalisch-Technische Reichsanstalt und amtierte als deren erster Präsident. Die Reichsanstalt war weltweit das erste wissenschaftliche Forschungszentrum außerhalb der Universitäten und gilt damit als eine Vorläuferin der Helmholtz-Gemeinschaft.

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Innerhalb von 40 Jahren wurde aus einem Arbeitsausschuss lose verbundener Forschungszentren die Helmholtz-Gemeinschaft. 1958 als "Arbeitsausschuss für Verwaltungs- und Betriebsfragen der deutschen Reaktorstationen" gegründet, ging es anfangs um den Erfahrungsaustausch in Betriebs- und Sicherheitsfragen, doch schon bald auch um Themen, welche die Großforschungszentren noch heute vereinen: Fragen der strategischen Ausrichtung, Ausbildung, Besoldung und Patentbehandlung, die großen Einfluss auf die Entwicklung der wissenschaftlichen Exzellenz und wirtschaftlichen Verwertung haben. Heute leisten 18 nationale Forschungszentren Beiträge zur Lösung großer und drängender Fragen von Gesellschaft, Wissenschaft und Wirtschaft durch strategisch-programmatisch ausgerichtete Spitzenforschung in den Bereichen Energie, Erde und Umwelt, Gesundheit, Schlüsseltechnologien, Struktur der Materie sowie Luftfahrt, Raumfahrt und Verkehr.

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Im Ergebnis einer gezielten Förderpolitik konnten 20 Jahre nach der Wiedervereinigung zahlreiche Forschungseinrichtungen in den neuen Bundesländern ausgebaut und weiterentwickelt werden. Auch die Helmholtz-Gemeinschaft, die 1990 noch eine lose Arbeitsgemeinschaft der Großforschungseinrichtungen war, hat seit der Wiedervereinigung systematisch ausgewählte Wissenschaftseinrichtungen in den Neuen Bundesländern gefördert. Dazu gehören beispielsweise die Helmholtz-Zentren in Leipzig, Potsdam oder Berlin-Buch sowie mehrere ostdeutsche Forschungsinstitute, die als Außenstellen von großen Helmholtz-Zentren übernommen und erweitert wurden. Dieses nachhaltige Agieren hat dazu beigetragen, eine wichtige Forschungslandschaft in den Neuen Bundesländern zu erhalten bzw. auf hohem wissenschaftlichem Niveau auszubauen.

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