Das Präsidium der Gemeinschaft besteht aus acht Vizepräsidenten und dem Präsidenten Prof. Dr. Jürgen Mlynek. Die Vizepräsidenten unterstützen, beraten und vertreten den Präsidenten bei der Wahrnehmung seiner Aufgaben. Dazu gehören die Umsetzung der programmorientierten Förderung, die Koordination der forschungsbereichsübergreifenden Programmentwicklung und die Entwicklung der Gesamtstrategie. Jeder der Vizepräsidenten ist Koordinator eines der sechs Forschungsbereiche der Helmholtz-Gemeinschaft, außerdem gehören zwei Vizepräsidenten aus dem kaufmännisch-administrativen Bereich zum Präsidium.